En 1996, la administración del monasterio de Sera-Je, en el sur de la India, escribió al Venerable Gueshe Kelsang Gyatso «una carta de expulsión» del monasterio. Durante su estancia en el Tíbet, Gueshe Kelsang había estudiado en el monasterio de Sera-Je, cerca de Lhasa, pero posteriormente no tuvo ninguna relación con el monasterio, ni siquiera después de que éste se trasladara al sur de la India. Más tarde se le preguntó a Gueshe Kelsang:

Gueshe-la, en la carta de la gente de Sera-Je se dice que usted fue expulsado del monasterio. ¿Está disgustado por ello?

Y él respondió:

No, no estoy disgustado. Ya había dejado de estar afiliado a Sera-Je hace veinte años y no tenía intención de renovarla. Por lo tanto, siento que esto no tiene ningún sentido.

El motivo de la carta del monasterio Sera Je contra Gueshe Kelsang fue su crítica abierta a la prohibición del Dalai Lama contra la práctica de Doryhe Shugden. James Belither, que era el Secretario de la Nueva Tradición Kadampa (NKT) en aquel momento, dijo:

La campaña para desacreditar a Gueshe Kelsang es claramente un intento deliberado de silenciarle y servir de advertencia a otros. Cuando vivía en América, le dijo a otro lama que vivía en Alemania que pensaba emprender acciones públicas contra la censura del Dalai Lama: «No, no puedes hacer eso, no debes. Te harán lo que le hicieron a Gueshe Kelsang». ¿Qué significa ser «expulsado» de una institución en la que estudiaste? Esto no restará valor a tus años de estudio y meditación ni a tus cualificaciones espirituales. De esto se deduce que la expulsión es simplemente una acción política y un gesto vacío.

Sera-Je es un monasterio Guelugpa. Gueshe Kelsang no puede ser excomulgado de la tradición Guelug porque no es un club; Guelugpas son aquellos que siguen las enseñanzas de Yhe Tsongkhapa, y Gueshe Kelsang dedicó su vida a mantener y propagar esas enseñanzas.

Calificar de secta a la Nueva Tradición Kadampa
La acusación de secta también fue formulada de forma bastante convincente por el Gobierno Tibetano en el Exilio cuando emitió esta carta políticamente motivada expulsando a Gueshe Kelsang del Monasterio de Sera Je. Esta carta, destinada a condenar a Gueshe Kelsang al ostracismo, está llena de fuertes acusaciones y numerosas referencias a «secta», «sectarios» y «líder de secta». Con estas acciones, el Gobierno tibetano en el exilio pretendía que la etiqueta de secta se mantuviera para castigar a Gueshe Kelsang por enfrentarse a la prohibición del Dalai Lama y suponer un serio obstáculo para el crecimiento de la NKT (que, a diferencia de los grupos budistas tibetanos, no está bajo su control). Desgraciadamente, los tibetanos seguidores del Dalai Lama siguen calificando a la NKT de secta y de adoradores de demonios. Véase también ¿Es Gueshe Kelsang Gyatso un verdadero Gueshe? Véase también: ¿Cuál es la controversia sobre el Protector del Dharma Dorje Shugden y el 14º Dalai Lama Tenzin Gyatso?