En la década de 1990, el Dalai Lama prohibió la práctica budista de confiar en el Protector del Dharma Doryhe Shugden, considerado durante más de cuatro siglos como un Buda de la Sabiduría que ayuda a crear condiciones externas e internas favorables para la práctica individual de las enseñanzas de Buda. Esto creó una gran controversia.

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Lama Yeshe y Lama Zopa realizando la pyha de Doryhe Shugden

Esta práctica de confiar en Dorje Shugden fue enseñada ampliamente por Je Phabongkhapa y Vajradhara Trijang Rinpoche, los más grandes lamas gelug del siglo XX, siendo este último el propio gurú raíz del Dalai Lama. Fue una práctica a la que se dedicaron la mayoría de los budistas tibetanos durante la mayor parte del siglo XX, incluidos algunos de los más grandes lamas que vinieron a Occidente. Por nombrar sólo algunos, Lama Yeshe y Lama Zopa, fundadores de la Fundación para la Preservación de la Tradición Mahayana (FPMT); Gueshe Rabten y Gonsar Rinpoche, fundadores del Monasterio Rabten Choeling en Suiza; Gueshe Kelsang Gyatso, fundador de la Nueva Tradición Kadampa (NKT). El propio Dalai Lama se dedicó a esta práctica, pero más tarde cambió de opinión y empezó a calificar a los practicantes de Dorje Shugden de sectarios adoradores de espíritus que estaban provocando la degeneración del budismo en adoración de espíritus y socavando la causa del Tíbet Libre y su propia larga vida. Prohibió formalmente la práctica de Dorje Shugden en la comunidad tibetana mediante sanciones como la expulsión del monasterio (cientos de monjes fueron expulsados), la pérdida del empleo, la privación de los servicios sociales básicos, la denegación del acceso a las enseñanzas, la consideración de traidor nacional y el ostracismo social total. Los seguidores del Dalai Lama ampliaron aún más su denuncia de la práctica a escala mundial, embarcándose en campañas internacionales de firmas forzadas e intentando destruir la credibilidad de todos aquellos que se manifestaban en contra de esta prohibición. Al declarar que Doryhe Shugden es un espíritu mundano o un demonio maligno, el Dalai Lama estaba diciendo que los gurús de su linaje espiritual Trijang Rinpoche y Je Phabongkhapa eran adoradores de espíritus y los llamó «equivocados, todos equivocados». Si ellos estaban equivocados, entonces todo el linaje Guelug está equivocado, ya que prácticamente todos los Guelugpas vivos hoy en día derivan, directa o indirectamente, de estos dos Lamas de linaje. El efecto más inmediato de esta prohibición y controversia fue la indecible angustia humana de los que sufrían bajo ella. Si no se hubieran controlado, las acciones del Dalai Lama habrían tenido como resultado la extinción del mundo de la práctica de la tradición de Je Tsongkhapa. Por estas razones, los practicantes de Doryhe Shugden de todo el mundo se sintieron obligados a pronunciarse públicamente contra esta injusticia. Entre ellos se encontraban los estudiantes de la NKT. El Dalai Lama y sus seguidores consideran que Doryhe Shugden es, por naturaleza, un ser mundano; los practicantes de Doryhe Shugden consideran que Doryhe Shugden es, por naturaleza, un ser iluminado. Aquellos que siguen el punto de vista del Dalai Lama pueden, por supuesto, creer lo que quieran, y a los practicantes de Doryhe Shugden se les debería permitir creer lo que quieran y dedicarse libremente a la práctica de Dorje Shugden; no tiene por qué haber controversia.