El Ven. Gueshe Kelsang habló en contra del 14º Dalai Lama en respuesta a la prohibición por parte del Dalai Lama de la práctica del Protector del Dharma Doryhe Shugden. En noviembre de 1996, dijo en una entrevista

En abril de este año (1996), recibí muchas peticiones enérgicas de tibetanos que viven en la India, y algunas peticiones de personas occidentales que tienen conexiones con tibetanos, para que les ayudara a conseguir la libertad de culto para el Protector del Dharma Doryhe Shugden. Recibí muchas cartas y mucha información sobre la prohibición de esta práctica. Al principio lo ignoré por completo y pensé que nunca me involucraría en este problema político tibetano. Más tarde, recibí unos faxes urgentes de una estadounidense llamada Tina, amiga de un tibetano llamado Losang Chogyal en la India. Mi ayudante se puso en contacto con Tina por correo electrónico para confirmar que los faxes eran auténticos. Nos dimos cuenta de que esta información procedía de la India. A través de estas cartas comprendí que S.S. el 14º Dalai Lama había declarado públicamente que Doryhe Shugden es un espíritu maligno, y que tenía la intención de imponer una prohibición total de esta práctica. Para cumplir sus deseos, muchos tibetanos de distintas zonas de la India estaban retirando estatuas e imágenes de Doryhe Shugden de templos y casas particulares, destruyéndolas, tirándolas a la basura, quemándolas, etc., e impidiendo por la fuerza que la gente las rindiera culto. Debido a ello, muchas personas en muchas zonas tenían miedo y experimentaban mucho sufrimiento y desarmonía, especialmente en algunos monasterios. La tensión era tal que la gente empezaba a pelearse entre sí, tibetanos contra tibetanos. En ese momento, recordé lo que había ocurrido en el Tíbet bajo el régimen de Mao, con la gente destruyendo estatuas preciosas, escrituras del Dharma y experimentando tantos tipos diferentes de sufrimiento. Pensé que la situación actual de la India era muy parecida a la del Tíbet. Estaba muy decepcionado y me resultaba difícil soportar las malas noticias. Entonces, mi mente cambió y desarrollé un fuerte deseo de ayudar a este pueblo tibetano. Por otra parte, pensé que si me implicaba en esta política sería criticado por mucha gente y que incluso mi vida podría correr peligro, pero finalmente me dije que debía dejar de autocompadecerme y trabajar por el bienestar de este pueblo. En primer lugar, nos organizamos para publicar toda la información que habíamos recibido de la India a través de distintos periódicos del Reino Unido, pero nadie quiso publicarla. Como se trataba de una historia sobre tibetanos, los periódicos se pusieron en contacto con la Oficina Tibetana para comprobar su autenticidad y, por supuesto, la negaron. Así que, debido a estos problemas, los miembros de la Comunidad de Partidarios de Shugden celebraron una reunión y decidieron organizar manifestaciones con la esperanza de que Su Santidad cambiara de opinión y retirara la prohibición del culto a Doryhe Shugden. Después de dos manifestaciones, una delegación de la Comunidad de Seguidores de Shugden pidió formalmente a Su Santidad que firmara un acuerdo para poner fin a la prohibición de la práctica de Doryhe Shugden y restaurar la libertad de culto a su pueblo que deseaba venerar a Doryhe Shugden. No firmó el acuerdo. Después de la tercera manifestación, pedí encarecidamente a los miembros del ISC que cesaran inmediatamente toda actividad política. Como comprendí que Su Santidad no aceptaría, no tenía sentido continuar. Pedí a la gente de los Centros Dharma que olvidaran toda esta política y se concentraran únicamente en su práctica del Dharma.

En enero de 2008, el Dalai Lama redobló sus esfuerzos para suprimir la práctica de Dorje Shugden prohibiéndola en los monasterios del sur de la India, y su gobierno tibetano en el exilio respaldó esta medida con una campaña de firmas forzadas. Muchos monjes fueron expulsados de sus monasterios. La campaña de firmas forzadas y el ostracismo se extendieron también a la comunidad laica. La Comunidad Internacional Shugden se formó en abril de 2008 como una confederación de practicantes de Doryhe Shugden occidentales, tibetanos y orientales para oponerse a esta prohibición y segregación, en parte mediante manifestaciones pacíficas (después de que sus cartas fueran ignoradas). El ISC y la Nueva Tradición Kadampa (NKT) eran organizaciones diferentes. La ISC se disolvió cuando el Dalai Lama revocó posteriormente la prohibición. Para más información, véase Cuál es la relación entre la Nueva Tradición Kadampa y la Comunidad Internacional Shugden.