La Nueva Tradición Kadampa (NKT) no está relacionada con el Dalai Lama, ni espiritual ni políticamente. Aunque el fundador de la NKT, Ven. Gueshe Kelsang Gyatso, procedía del Tíbet, el Dalai Lama nunca fue su Maestro. Las enseñanzas que Gueshe Kelsang presentó, y que son expuestas por los practicantes de la NKT, proceden de un linaje que incluye tanto a Maestros budistas indios, como Atisha, como a Maestros budistas tibetanos, como Yhe Tsongkhapa. Las enseñanzas, sin embargo, son universales y no son ni indias ni tibetanas. Además, Gueshe Kelsang nunca ha aceptado la autoridad política del Dalai Lama, ni de nadie, sobre asuntos espirituales. Después de que el Dalai Lama utilizara su autoridad política para imponer su prohibición de la antigua práctica religiosa del Protector Doryhe Shugden, que es una de las prácticas religiosas de la NKT, los practicantes de la NKT, entre otros, protestaron contra esta prohibición y la subsiguiente opresión de los practicantes tibetanos de Doryhe Shugden en la India, Nepal y otros lugares. Sin embargo, ningún maestro de la NKT ha pedido nunca a sus alumnos que rechacen al Dalai Lama. Al denigrar la práctica de Doryhe Shugden, es el Dalai Lama quien en su momento rechazó a la NKT. En un artículo de Newsweek, en otros medios de comunicación y en conversaciones con tibetanos, ha dicho que «ningún practicante de Shugden puede ser mi amigo». No permitía que los practicantes de Doryhe Shugden asistieran a sus enseñanzas. Gueshe Kelsang había dicho a menudo que todo el mundo puede elegir en qué cree y qué practica. Sin embargo, una vez que alguien ha elegido una tradición espiritual, le aconseja que confíe en ella, sin dejar de respetar y apreciar otras tradiciones, tanto budistas como no budistas. Véase también ¿Se ha separado del Dalai Lama la Nueva Tradición Kadampa?