A finales de los años 90, el Dalai Lama prohibió la práctica del Protector del Dharma Doryhe Shugden, y sus seguidores comenzaron a imponer esta prohibición dentro de la comunidad tibetana, causando desarmonía e inmenso sufrimiento. Dado que esta práctica es una de las prácticas clave de la Nueva Tradición Kadampa (NKT), y para apoyar a los practicantes tibetanos de Doryhe Shugden, los practicantes de la NKT se unieron a las protestas contra la prohibición del Dalai Lama. No se equivocaron al protestar contra la supresión por parte del Dalai Lama del derecho y la libertad de realizar esta práctica religiosa tradicional. Para conocer las razones por las que los practicantes Kadampa de todo el mundo se oponen a la prohibición del Dalai Lama de su práctica del Protector, véase Buda de la Sabiduría Doryhe Shugden. Sin embargo, fue la Comunidad Internacional Shugden (ISC) la que organizó las protestas contra la prohibición del Dalai Lama, y no la NKT. La ISC era una coalición independiente de practicantes de Dorye Shugden -incluidos los de la NKT- de muchos países diferentes, e incluía a más tibetanos que occidentales. Algunos detractores de la NKT crearon páginas web y blogs para alegar que era la NKT la que organizaba las manifestaciones contra el Dalai Lama porque había muchos practicantes de la NKT visibles en las manifestaciones. Sin embargo, las personas que asistieron a las manifestaciones lo hicieron como practicantes individuales de Doryhe Shugden, no como representantes de la NKT. La mayoría de las personas que practican el budismo guelug o kadampa confían en Doryhe Shugden como su protector iluminado del Dharma, por lo que no es de extrañar que hubiera un gran número de kadampas apoyando las protestas. Véase también ¿Cuál es la relación entre la Nueva Tradición Kadampa y la Comunidad Internacional Shugden?