La Nueva Tradición Kadampa (NKT) no es sectaria ni intolerante porque respeta activamente todas las religiones y el derecho de las personas a practicar como deseen. Hay muchas buenas razones por las que personas diferentes quieren y necesitan tradiciones espirituales diferentes (o ninguna tradición). Como dice Ven Gueshe Kelsang:

Cada tradición tiene sus buenas cualidades únicas, y es importante no perderlas.

La NKT-IKBU estudia y practica su propia tradición, pero respeta sinceramente otras tradiciones espirituales – este punto está incluido en el Reglamento Interno de la NKT 8§3 Sectarismo es discriminar otra tradición, religión o escuela. Implica ser intolerante o estrecho de miras. No sectario no significa practicar todas las tradiciones, sino tener respeto por todas las tradiciones y no criticarlas. La NKT fue marginada por algunos como una «secta», en contraposición a una parte de la corriente principal del budismo, cuando el 14º Dalai Lama dijo públicamente y sin ninguna razón válida que la práctica del Doryhe Shugden promueve el sectarismo. Paradójicamente, en ese momento estaba aplicando ilegalmente la prohibición de una tradición religiosa de casi 400 años de antigüedad. De una entrevista a Gueshe Kelsang Gyatso con Donald Lopez Jr en Tricycle Magazine, primavera de 1998:

LOPEZ: Dada su devoción a Doryhe Shugden y su fundación de la Nueva Tradición Kadampa, ¿considera que la visión, meditación y práctica de Yhe Tsongkhapa es la más completa de todo el budismo tibetano? ¿Es sólo a través de las enseñanzas de Yhe Tsongkhapa que uno puede alcanzar la iluminación? ¿O también es posible a través de Nyingma o Kagyu? GESHE KELSANG GYATSO: Por supuesto. Por supuesto que creemos que cada Nyingma y Kagyupa tiene su camino completo. No sólo los Guelugpa. Creo que los nyingma tienen un camino completo. Por supuesto, los Kagyupas son muy especiales. Apreciamos mucho el ejemplo de Marpa y Milarepa [en el linaje Kagyu]. Milarepa mostró el mejor ejemplo de devoción al Guru. Por supuesto, los Kagyupas, así como los Nyingmapas y los Sakyupas, tienen un camino completo hacia la iluminación. Muchos Nyingmapas y Kagyupas practican muy sinceramente y no se limitan a estudiar intelectualmente. Creo que algunos practicantes Guelugpa necesitan seguir su ejemplo práctico. Pero no necesitamos mezclar nuestras tradiciones. Cada tradición tiene sus propias cualidades poco comunes, y es importante no perderlas. Debemos concentrarnos en nuestra propia tradición y mantener las buenas cualidades de nuestra tradición, pero siempre debemos mantener buenas relaciones entre nosotros y nunca discutir ni criticarnos. Lo que me gustaría pedir es que mejoremos nuestras tradiciones al tiempo que mantenemos buenas relaciones entre nosotros.

El Venerable Gueshe Kelsang ha enseñado que el método más eficaz para obtener realizaciones espirituales es practicar una tradición sinceramente sin mezclarse. Del mismo modo que las personas tienen derecho a mezclar tradiciones si lo desean, y no deben ser criticadas por hacerlo, los demás también deben tener derecho a practicar una tradición sin ser criticados. Al hacer hincapié en una tradición con sinceridad, la NKT no está diciendo que sea mejor que otras tradiciones; sólo que este método funciona mejor para los de esta tradición. Como mahayanistas que entienden que los seres sintientes necesitan ser ayudados de diferentes maneras según sus distintas inclinaciones kármicas, la NKT nunca dice que sea la mejor y que otras tradiciones sean inferiores. Más bien, la NKT respeta y aprecia otras tradiciones, y se abstiene de criticarlas. De este modo, la NKT no es sectaria. Como dice en Cómo comprender la mente: la naturaleza y el poder de la mente:

Cada tradición y cada maestro presentan las enseñanzas de distinta manera y utilizan métodos diferentes. Las prácticas que enseña un maestro diferirán de las de otro, y si intentamos mezclarlas, terminaremos confundidos, abrumados por las dudas y desorientados. Si intentamos crear una síntesis de varias tradiciones, destruiremos el poder especial de cada una de ellas y solo nos quedará una mezcla farragosa de nuestra propia creación que será una fuente de confusión y dudas. Una vez que hayamos elegido nuestra tradición y las prácticas que vayamos a realizar a diario, debemos confiar plenamente en ellas y no dejarnos llevar por la insatisfacción. Al mismo tiempo que estimamos nuestra propia tradición, debemos respetar las demás y reconocer que cada persona tiene derecho a elegir la que prefiera. Esta forma de pensar fomenta la tolerancia y la armonía. Lo que produce sectarismo es la mezcla de diferentes tradiciones.