Die Neue Kadampa Tradition (NKT) versteht sich gut mit den meisten anderen buddhistischen Gruppen, wie z.B. Theravada-Buddhisten, der Triratna Gemeinschaft des Buddhismus (FWBO) und so weiter. Die NKT Zentren und -Praktizierenden sind jedoch in Probleme mit bestimmten tibetisch-buddhistischen Gruppen geraten: jenen, die von den Ansichten und der Politik des Dalai Lama zu der Zeit beeinflusst wurden, als er die Praxis des Weisheitsbuddha Dorje Shugden verbot und Shugden-Praktizierende daraufhin belästigt und verfolgt wurden.
Jahrelang, nachdem der Dalai Lama dieses Verbot ausgesprochen hatte und NKT-Praktizierende dagegen protestierten, erlebten NKT-Schüler und -Zentren zahlreiche Vorfälle von Kritik und Diskriminierung in der realen Welt und im Internet. Sie wurden beschuldigt, böse Geister anzubeten, Sektierer und sogar Mörder und Nazis zu sein. Sie wurden auf der Straße beschimpft, angeschrieen und bespuckt, ihnen wurde der Zutritt zu anderen tibetisch-buddhistischen Organisationen verweigert, sie wurden davor gewarnt, NKT Zentren zu besuchen oder dorthin zurückzukehren, sie wurden von Angesicht zu Angesicht und am Telefon bedroht. Es wurden Zweigstellen geschlossen, Zentren vandalisiert, Werbung abgerissen oder verunstaltet. Ihnen wurde der Zugang zu buddhistischen Online-Foren wie E-Sangha und Reddit verwehrt. Die Dinge sind haben sich beruhigt, aber es gibt noch immer Belästigungen im Internet; und Reddit beispielsweise erlaubt es keinem Kadampa-Buddhisten, auf der Seite R/Buddhismus zu posten oder zu kommentieren.
Trotz alledem verblasst das, was NKT-Praktizierende erlebt haben, neben der Verfolgung, die Dorje Shugden-Praktizierende in Indien erlitten haben. Dies ist teilweise hier dokumentiert: Wisdom Buddha Dorje Shugden – Warum unterdrückt der Dalai Lama die Religionsfreiheit?
Es sind bei weitem nicht alle tibetisch-buddhistischen Gruppen gegen die NKT. Es gibt viele tibetische Buddhisten, die sich auf die Unterweisungen der Überlieferungslinie von Je Tsongkhapa und Trijang Rinpoche und den Dharma-Beschützer Dorje Shugden in Indien, Tibet und im Westen verlassen und die die NKT und NKT Praktizierende sehr schätzen. Dies liegt nicht zuletzt daran, dass sich der Ehrwürdige Geshe Kelsang für sie eingesetzt hat und als ein großer Held wie auch als voll verwirklichter buddhistischer Meister betrachtet wird.
Mehrere Klöster konnten aufgrund der Unterstützung der Internationalen Shugden-Gemeinschaft (ISC) in Indien eröffnet werden, mit Hunderten von Mönchen (von denen viele vom Dalai Lama aus ihrem vorherigen Kloster ausgeschlossen worden waren), darunter das Kloster Serpom (Bild) und das Kloster Segyu Gaden Phodrang.
Es gibt auch verschiedene tibetisch-buddhistische Gruppen, die ihre eigenen Probleme mit dem Dalai Lama haben, wie die Kagyus, die sich seiner Wahl des Oberhauptes ihrer Tradition widersetzen. Daher sind sie nie auf den Zug aufgesprungen, die NKT dafür zu verurteilen, sich weiterhin auf Dorje Shugden zu verlassen und sich für Dorje Shugden-Praktizierende einzusetzen, die Widerstand gegen das Verbot des Dalai Lama leisten.
